江戸時代。謎の怪人・魔神斎を頭領とする忍者集団「血車党」が、日本を征服すべく活動を開始。それは、化身忍者と呼ばれる改造人間を操り、平和になりつつあった世の中を再び戦乱の世に戻すという計画だった。しかし、血車党の化身忍者を次々と倒す者が現れた。――――その名は「嵐」。元・血車党の青年忍者ハヤテが変身した姿。実は、化身忍者を作り出す「化身忍法」は、ハヤテの父・嵐鬼十が編み出した忍術だったのだ……!!

時は1600年、関ヶ原の大戦を前に血気盛んに西進する徳川秀忠。4万近くの圧倒的兵力を誇る秀忠の軍勢だったが、一人……いや一匹の怪物が兵をものともせず秀忠に迫る!! そして絶体絶命の秀忠を救ったのもまた、鳥の怪物であった……… 石ノ森章太郎の傑作時代ヒーロー作品である『変身忍者嵐』がアクションの名手・にわのまことの手により生まれ変わる!! 変身忍者・嵐・見参!! 自身もまた特撮ヒーローに造詣の深い“にわのまこと”先生による時代伝奇ヒーローの快作です。タイトルのX（カイ）には本作が偉大な原作を基に生まれた「改」であり、時代劇と変身ヒーローが融合した「怪」であり何よりも“にわの先生”による変身ヒーローの「解」であることを意味しています。

石ノ森章太郎原作『変身忍者嵐』が現代によみがえる──!!　360年の眠りから目覚めた伝説の忍【ハヤテ】と【嵐】が姿を消した。彼らを追う指令を受けた烈とオボロだが、そこで対峙したのは記憶をなくしたハヤテだった。彼の過去とは、黒幕の陰謀とは、【嵐】とは……。現代の忍者を巻き込み、様々な思惑が動きはじめる！